Los palacios reales como la Aljafería eran edificios que permanecían vacíos la mayor parte del tiempo pero que se llenaban de febril actividad en los períodos, de mayor o menor extensión, en que los monarcas y toda su corte se alojaban en ellos provenientes de otros lugares. El rey acudía a cada ciudad en función de las necesidades y los azares de la vida y la política, según los asuntos que en cada momento debía atender en uno y otro sitio. Por ejemplo, Pedro IV, con un reinado de 51 años, vino a Zaragoza en numerosas ocasiones: comenzó su reinado en la ciudad, mudándose a la Aljafería nada más morir su padre en enero de 1336; en abril tuvieron lugar los festejos de su coronación; estuvo en 1347 y 1348 por el asunto de la revuelta de la Unión Aragonesa; pasó en la Aljafería largos períodos para atender los asuntos de la guerra con Castilla, comenzada en 1356 (dado que Zaragoza estaba cercana al frente); una de sus últimas visitas contempló las celebraciones y banquetes de la coronación de su última esposa, Sibila de Fortiá (1381). En contraste, Martín I (1396-1410) pasó una proporción muy escasa de su reinado en Zaragoza y la Aljafería: tan solo algo más de dos años casi al inicio de su reinado (especialmente los años 1398 y 1399) pero el resto del tiempo apenas volvió a visitar la ciudad; es cierto que iba a venir poco antes de que muriera (1410); pero el azar quiso que falleciera en Barcelona.

Por eso, no debemos pensar que la Aljafería estuvo habitada de forma permanente por un sinfín de personas, sino que el silencio y la tranquilidad predominarían sobre el bullicio y la actividad durante largos períodos. Cuando el rey no estaba en Zaragoza, si no era período de guerra, tan solo un “custodio” y alguno de sus ayudantes se ocuparían de velar por el edificio, y el merino de Zaragoza, representante del rey en la ciudad, estaría pendiente de cualquier necesidad, obra o provisión concerniente al edificio. No es extraño, por tanto, que en algunos períodos el palacio estuviera en mal estado o que, incluso, entraran a robar en él. En 1392, por ejemplo, unos ladrones consiguieron saltar la muralla en una zona donde había unos corrales adosados al muro y robaron algunas armas (ballestas).
Es posible también que la capilla dedicada a Santa María y a San Martín, si tuvo condición de parroquia, estuviera abierta la mayor parte del tiempo. No obstante, cuando el rey no estaba, había una actividad importante en el palacio si se realizaban obras (por ejemplo, las emprendidas por Pedro IV desde 1356 o las de Juan I al inicio de su reinado) o si existía peligro bélico.
En lo referente a lo bélico, es curioso que la Aljafería, pese a su imponente aspecto fortificado, fuera considerado palacio más que fortaleza, aunque existía la conciencia de que si caía la Aljafería, caía Zaragoza. En la Baja Edad Media solo se conoce una crisis bélica importante para la Aljafería, la Guerra de los dos Pedros (1356-1369), aunque no hubo nunca ningún asedio pues los castellanos nunca alcanzaron la ciudad. Es entonces cuando el rey nombró un “tenente” para el palacio y en 1363 ordenó establecer una guarnición de entre 20 y 40 judíos y moros para vigilarlo de noche.
Cuando los monarcas se alojaban en el edificio venían con toda la gente que componía su corte. Pero ésta estaba formada no solo por la Casa del Rey sino también por la Casa de la Reina. Las dos eran independientes y con su propio patrimonio y administradores. La Casa de la Reina era un reflejo menor de la del rey. Las personas al servicio de los reyes y reinas comprendían gente variopinta. Los miembros de la alta nobleza ocupaban los puestos más altos, pero había también funcionarios y oficiales de la baja nobleza, clérigos, numerosos criados y criadas e incluso esclavos y esclavas. La reina y las infantas eran acompañadas de numerosas doncellas y damas de compañía, pertenecientes normalmente a familias nobles. Entre todos estos personajes destacaban dos: el mayordomo y el camarlengo (tanto para el rey como para la reina). Los mayordomos eran responsables de la casa del rey o de la reina (cocina, bodega, establos) mientras que los camarlengos se ocupaban de la persona del rey y de la reina (vigilancia, servicio personal, médicos, porteros, …).
¿Pero hemos de pensar que toda esta gente se alojaba en la Aljafería cuando el rey y la reina venían a Zaragoza? Rotundamente no. Primero, porque si sumáramos a todas las personas que venían con los monarcas, serían más de 500, y el palacio no tenía tanta capacidad. Además, alguno de los altos y medianos cargos y funcionarios tenían su casa propia en Zaragoza. Y otros miembros de la corte serían alojados en casas de la ciudad.
Durante los movimientos de la corte de un sitio a otro, se trasladaban muebles y elementos de adorno de las residencias. Los tapices eran ideales en estas circunstancias, pues eran fácilmente transportables, al contrario que una pintura mural o una decoración parietal. El mobiliario de las salas era escaso y susceptible de ser movido, añadido o retirado con facilidad, lo que permitía su adaptación a funciones, situaciones o requerimientos diversos. El transporte de todos los objetos que llevaban consigo los monarcas en sus desplazamientos, se hacía a lomos de acémilas, lo que resultaría verdaderamente penoso. A título de ejemplo, a finales del siglo XV la cámara de Isabel la Católica y las infantas necesitaba de unas 150 acémilas. Las reinas y princesas solían ser trasladadas en andas, es decir, plataformas de madera transportadas normalmente a mano por criados.
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